L'entreprise est fondée par Édouard Heuer, fils de cordonnier, en 1860 à Saint-Imier, dans le Jura bernois en Suisse. À l’époque, toutes les montres se remontent à l’aide d’une clé. En 1869, deux ans après avoir transféré son atelier à Bienne, Édouard Heuer pose sa première invention brevetée : un remontoir à couronne autonome, sans clé.

En 1880, Édouard Heuer est le premier à fabriquer des chronographes en série. Très vite, Heuer se fait un nom dans la compétition sportive de haut niveau par un savoir-faire technique et de multiples brevets et innovations, comme le premier boîtier étanche[2] en 1895.

Édouard Heuer dépose le premier brevet pour un mécanisme de chronographe en 1882. En 1887, Heuer invente le pignon oscillant, qui est, aujourd'hui encore, la base de la majorité des chronographes vendus dans le monde. La maison reçoit une médaille d’argent lors de l'Exposition universelle de Paris de 1889 pour sa collection de chronographes de poche[3].